Baseny naturalne mają podobną architekturę i wygląd do klasycznych basenów z chemicznym uzdatnianiem wody. Część biologiczna jest zwykle realizowana w osobnym zbiorniku. Różnica tkwi w wodzie, która nie jest chlorowana a filtrowana metodami biologicznymi i jest pozbawiona nieprzyjemnych konsekwencji związanych ze stosowaniem środków chemicznego uzdatniania wody a przy tym jest krystalicznie czysta.